肾母细胞瘤手术并发症主要包括：肠梗阻（5.1%）、出血和感染（1.9%）、血管损伤（1.5%）。并发症出现的几率主要和瘤体的大小、与周围组织关系和手术医师的技术相关。
同时，双侧肾母细胞瘤如果进行保留肾单位肿瘤剥除手术，术后可能会出现短暂肾功能不全、尿瘘、泌尿系感染、肠套叠。
蒽环类化疗药物有心脏毒性。在每一个有蒽环类药物的疗程前，需检查患儿心电图。如果发现有严重心律失常或心功能不全的风险，可考虑合用右丙亚胺。一旦发现心功能不全，应该禁用蒽环类药物，并邀请心内科会诊协助治疗。
有些化疗药物对肝脏有毒性，临床表现为转氨酶（ALT）升高。如果治疗前单纯转氨酶升高不超过正常高限的10倍，那么治疗可不作任何调整；如果转氨酶升高超过正常高限的10倍，则应延迟化疗1周，复查肝功能；如果转氨酶持续超过正常高限的10倍，则应积极寻找和治疗肝功能损伤原因，同时可以在严密观察下继续治疗。治疗期间的单纯转氨酶升高，除非明确为非治疗相关性的升高，否则仅需观察，不需调整治疗。
一般可以通过输注红细胞缓解贫血。血色素60g/L以下必须输注。
血小板计数小于20×109 /L时应输注血小板。有明显出血症状或感染表现时，输注指征可适当放宽。
如果预期患儿可能出现较长时间的粒细胞缺乏，可以使用粒细胞集落刺激因子（俗称升白针）。
某些化疗药物，如环磷酰胺、异环磷酰胺等，当大剂量静脉输注且缺乏有效预防措施时，由于其代谢产物丙烯醛会刺激膀胱，可能导致出血性膀胱炎，表现为膀胱刺激症状、少尿、血尿及蛋白尿。不过，环磷酰胺按常规剂量应用时，出血性膀胱炎发生率较低。大剂量静脉输注环磷酰胺、异环磷酰胺期间，可予以水化，保护膀胱等对症治疗。
某些化疗药物，如卡铂、顺铂，可能引起肾毒性，主要表现为肾小管损伤。急性损害一般出现于用药后10～15天，血尿素氮（BUN）及肌酐（Cr）增高，肌酐清除率降低，多半可逆。但反复高剂量治疗可能导致持久性的轻至中度肾损害。目前除水化外，尚无有效的预防手段。
某些化疗药物如长春新碱、长春地辛，可能引起外周神经症状，如手指、神经毒性等，其严重程度与累积量有关。可能出现足趾麻木、腱反射迟钝或消失，外周神经炎、腹痛、便秘、麻痹性肠梗阻偶见，运动神经、感觉神经和脑神经也可受到破环，并产生相应症状，但通常是可逆的，且儿童耐受较成人好。
铂类化疗药物可能会对患儿听力产生影响，造成听力下降。因此每次用这类药物进行化疗前，需进行听力检查，了解患儿听力情况。
肾母细胞瘤的复发率并不高，但确有发生，通常发生在治疗结束后2年内。
