长期的肾小管酸中毒可能对骨骼系统产生影响，可能出现发育障碍、骨骼畸形等后遗症。
肾小管酸中毒患者因代谢紊乱，患者可能出现骨骼相关并发症，儿童可能出现生长发育障碍，成人可能导致病理性骨折、骨质疏松、骨骼发育畸形、骨软化等并发症。
肾小管酸中毒长期不纠正，患者代谢存在异常，可能导致肾结石、肾钙化，最终可能发展为肾功能不全等疾病。
此外，该类疾病常伴有氨基酸、蛋白质、葡萄糖等多种物质代谢紊乱，可能导致营养不良等疾病。
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