肾盂肾炎是一种感染性疾病，主要由细菌感染引起。
尿路梗阻、性别、妊娠、泌尿道的有创性操作、泌尿系统结构异常等，是肾盂肾炎发病的诱发因素。
致病菌多经尿道上行至肾脏引起感染；少数患者因致病菌通过血液到达肾脏；部分患者由肾脏周围的脏器、组织感染的致病菌直接播散引起；极少数患者致病菌是通过淋巴感染至肾脏。
正常情况下，致病菌入侵初始，机体可通过排尿时尿液的冲刷作用、尿道和膀胱黏膜的天然抗菌作用、输尿管与膀胱连接处单向活瓣作用、男性前列腺分泌物的抗菌作用、女性阴道的乳酸杆菌菌群，以及尿液的高渗透压、高浓度尿素、酸性环境等与致病菌相对抗。
当患者机体的防御功能下降时，与致病菌抗争的能力减弱，最终引起肾盂肾炎。
尿路结石、前列腺增生等各种原因引起的尿路狭窄，肿瘤等因素使尿液排出受到限制，这些因素致使尿液在尿道中存留时间延长，以细菌为主的致病微生物不能被及时地排出体外，进而导致其局部生长、繁殖，引起感染。
女性尿道长约4cm，短而宽，与肛门距离较近，这使女性比男性更易发生尿路感染，而尿路感染上行至肾盂部时，可致肾盂肾炎。
妊娠妇女由于孕期子宫增大、输尿管的自我舒缩功能减弱、膀胱-输尿管活瓣作用减弱等情况，其尿液排出受限，也会更易发生肾盂肾炎。
导尿或留置导尿管、膀胱镜和输尿管镜的检查、静脉肾盂造影等，可导致尿路黏膜损伤，若在检查操作中有致病菌入侵，或可导致尿路感染，进而可能导致肾盂肾炎。
如肾脏发育不良、肾盂或者输尿管畸形、肾移植等，这些都是尿路感染、肾盂肾炎的易感因素。
