大多数手足口病患者病情较轻，大部分患儿不需要特殊治疗便可康复，通常在7~10天内痊愈，并发症不常见。
该并发症是一组由于各种病毒感染引起的脑膜急性炎症性的疾病，临床以发热、头痛和脑膜刺激征为主要表现，85%-95%的病毒性脑膜炎由肠道病毒引起。
心肌炎常由普通病毒感染或病毒感染后的免疫反应导致。可表现为急性胸痛、心悸、无明显诱因的心律失常，严重者可发生晕厥或心源性猝死。
肺炎是指终末气道、肺泡和肺间质的炎症。此病由致病微生物如肠道病毒引起，起病急，以寒战、高热、咳痰、胸痛、呼吸困难为主要临床表现。
肺水肿、肺出血、脑脊髓炎、急性迟缓性麻痹等，个别儿童可出现泛发性丘疹。
