白细胞计数正常或降低，病情严重者白细胞计数可明显升高。C反应蛋白（CRP）一般可升高。
一般患者的血丙氨酸氨基转移酶（ALT）、天冬氨酸氨基转移酶（AST）、肌酸激酶同工酶（CK-MB）等轻度升高；一些病情危重的患者会出现有肌钙蛋白（CTNL）和血糖升高。
一般患者白细胞总数和中性粒细胞数大多正常，重症患者白细胞计数可明显升高。
留取咽拭子和粪便标本进行病毒学检测，检测出阳性或分离到肠道病毒即可确诊。
急性期与恢复期血清CoxA16、EV71或者其他肠道病毒中和抗体相比较于之前有4倍以上升高，即可以确诊。
呼吸系统受累时，可有动脉血氧分压降低、血氧饱和度下降，二氧化碳分压升高以及酸中毒的表现。
脑脊液外观清亮，压力增高，白细胞计数增多，危重病例多核细胞可多于单核细胞，蛋白正常或轻度增多，糖和氯化物正常，伴有中枢神经系统并发症时脑脊液细胞数可增多，蛋白也会升高。
重症及危重症患儿并发神经源性肺水肿时，可表现为双侧肺部纹理增多，两肺野透亮度减低，呈现网格形状，可有阴影，也有部分患者以单侧肺部改变为主。
如果累及到神经系统，可以观察到脊髓灰质和脑干的损害。
神经系统受累可表现为弥漫性慢波，少数可出现棘慢波。
重症患儿可出现心肌收缩或舒张功能减低，节段性室壁运动异常，射血分数降低等。
