小儿尿路感染容易与急性肾小球肾炎、肾结核、高钙尿症及急性尿道综合征混淆，医生会重点鉴别。
两者均可有尿频、尿急、尿痛等尿路刺激症状，可通过尿常规及尿培养鉴别，尿路感染尿常规白细胞增多，而急性肾小球肾炎红细胞增多，仅少数白细胞，尿路感染尿培养多为阳性，而后者多为阴性。
两者均可有发热、血尿及尿路刺激症状，可通过病史、尿液镜检等鉴别，肾结核患儿有结核接触史，结核菌素试验为阳性，尿液中可查到结核分枝杆菌，而尿路感染患儿则无。
两者均可有尿频等症状，可通过实验室检查鉴别，高钙尿症24小时尿钙＞4mg/kg，尿钙/尿肌酐＞0.2，且尿培养为阴性。
两者均可有尿路刺激症状，可通过尿培养鉴别，前者尿培养多为阳性，而后者多为阴性。
