KSS和CPEO鉴别诊断，主要包括出现眼外肌瘫痪的重症肌无力、眶肌炎、甲状腺相关眼眶病，眼咽远端型肌营养不良以及Fisher综合征。
MELAS需要鉴别的疾病包括病毒性脑炎、糖皮质激素反应性脑病、脑小血管炎、Moyamoya病、静脉血栓形成、癫痫后可逆性脑病、甲基丙二酸血症、高氨血症。
MERRF要和其他原因导致的共济失调伴随癫痛发作的疾病进行鉴别，特别是伴随癫痛的小脑性共济失调，以及其他有机酸尿症。
MNGIE主要和其他慢性胃肠道疾病鉴别。
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