病情严重的新生儿，发生急性呼吸窘迫时需立即采用呼吸机辅助通气，同时可采取一氧化氮吸入、胃管持续减压、使用促进肺发育的药物、甚至人工心肺机（ECMO）等方法来稳定患儿的心肺功能，待患儿情况稍稳定后及时手术。
对于危重患儿，气管插管、呼吸机高频辅助通气是首选的治疗措施。
俗称人工心肺机，目前多在ECMO插管前，NO与常规机械辅助通气或高频振荡通气联合应用。ECMO使肺血管阻力下降和肺休息，使患儿逐步适应，为手术创造条件。目前尚无应用ECMO明确指征，对增加肺表面活性物质和提高生存率并不优于常规综合治疗，仅用于有不可逆呼吸衰竭足月儿，使用率约10%。
症状轻者可考虑非手术治疗，注意营养，饮食少量多次，对于食管裂孔疝的患儿应保持特殊体位，即让患儿尽量保持60°~90°半卧位，少量多次喂养及增加营养等。
需要进行手术的患儿，在情况尚未稳定时，应该注意保暖、保持患侧卧位，面罩吸氧并注意监测各项指标，待患儿情况稍稳定及时手术。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
肺泡表面活性物质、吸入性一氧化氮、氟碳化合物液体湿润通气等，可能会改善患儿呼吸功能，但也有研究发现，临床应用上述药物未能明显提高患儿生存率，仍需进一步研究证实。
使用地塞米松等糖皮质激素、谷胱甘肽等药物可能会促进胎儿肺发育，预防早产儿呼吸窘迫综合征，但具体应用尚需进一步研究。
个别病例多年无症状可无需手术，有症状者均应及时手术治疗。
对于膈肌缺损小，一般状况稳定，无其他严重畸形的患儿可采取经腹腔镜膈疝修补术，该手术创口较小，恢复快，疗效确切。
膈肌缺损大、难以直接修补的患儿，可用人工补片或自体组织移植来修补，术后需继续禁食，术后持续肺高压可继续应用呼吸机辅助呼吸。
无论有无症状，都应作内脏复位、膈肌缺损修补手术，以免进入胸腔的肠管缺血坏死。
经非手术治疗未得到缓解且伴严重症状的滑动性食管裂孔疝则往往需要外科手术加以纠治，可经胸部或经腹部进行食管裂孔修补术，同时进行食管胃底与膈固定术。
孕24周前诊断为巨大膈疝的胎儿，胎儿有染色体或其他致死性多发畸形，孕母应考虑终止妊娠，进行引产手术。
孕26~37周诊断者，需对产妇及胎儿进行严密监测，必要时需要进行剖宫产。
部分病例可在孕24周前诊断，必要时可考虑宫内手术，将子宫切开行胎儿膈肌修补术，但技术要求非常高，难度很大，术中死亡、术后并发症高，早产率达60%。
