先天性巨结肠是多基因遗传和环境因素共同作用的结果。

先天性巨结肠的发生是由于神经细胞迁移发育过程停顿，使远端肠道（直肠、乙状结肠）神经节细胞缺如，导致肠管持续痉挛，造成功能性肠梗阻，继而导致其近端结肠继发扩张。

先天性巨结肠的病因有哪些？

胚胎发育异常

胚胎发育第6~12周，肠神经迁移发育，如果某种因素致此过程停滞，则引起直肠、乙状结肠肠壁肌间神经节细胞缺如以及肠壁神经丛的缺陷，进而导致肠管呈持续痉挛状态，蠕动消失，造成排便功能障碍。

基因遗传因素

先天性巨结肠有家族史者占3.6%~7.8%，全结肠型甚至高达15%~20%，因此提示遗传因素也是该病的重要病因。

近年来证实，先天性巨结肠与10号染色体长臂的基因和内皮素-B受体基因（EDNRB基因）有密切关系。

肠壁微环境的异常

据文献报道肠道微环境的改变会引发先天性巨结肠，如神经胶质细胞衍化亲神经营养因子（GDNF）、神经细胞粘附因子（NCAM）、神经生长因子（NCF）的异常可导致疾病的发生。