功能性痛经主要因月经来潮前后局部前列腺素、白三烯类物质、血管紧张素、催产素等物质的增加致使子宫异常收缩引起，还与个人生理和精神因素、生活习惯、环境因素等有关。
子宫肌肉活动增强，导致子宫张力增加和过度痉挛性收缩，导致痛经。
这是导致功能性痛经的重要原因。前列腺素主要在子宫内膜中合成，其合成增加和释放增多均可导致体内前列腺素含量过多，这不仅会刺激子宫肌肉过度收缩，造成子宫缺血，还会使神经末梢对痛觉阈值降低，机体感觉更敏感。
血管紧张素和催产素水平增加可加强子宫平滑肌收缩，子宫血流减少，加重痛经症状。
主要与大脑代谢异常有关。异常的脑代谢可能增加和维持患者对疼痛的敏感，从而加重患者可能存在的痛经症状。
如内皮素、去甲肾上腺素等，会促进子宫肌肉及血管平滑肌收缩，导致痛经。
子宫内膜整块脱落并排出不畅，可使子宫收缩增强或痉挛，引起痛经。
可使经血流通不畅，造成经血潴留，从而刺激子宫收缩而引起痛经。
子宫肌肉与纤维组织比例失调，产生不协调收缩引起痛经。
年龄小于30岁、月经初潮过早（小于11岁）、月经量过多、存在痛经家族史、身体肥胖或超重、尚未怀孕分娩等因素，均可引起痛经。
紧张、焦虑、抑郁等情绪使得患者对疼痛的反应和主观感受发生变化，从而加剧疼痛。
痛经与吸烟、饮酒等因素有关。此外，经期剧烈运动、爱吃冷饮、久坐等不良习惯均易引发痛经。
某些工业或化学性质气味的刺激，如汽油、香蕉水等可造成痛经。
