功能性痛经患者处于轻度不适时，可通过心理治疗、改善生活习惯来缓解疼痛，一般无需特殊治疗。当患者症状严重时，则需通过药物治疗、手术治疗等缓解疼痛和减少痛经的发生。是否为功能性痛经需要到医院由妇科医生诊断和鉴别，以免延误某些器质性疾病的诊断。
当患者存在腹部轻度疼痛等不适时，通过心理治疗消除紧张等情绪，可一定程度上缓解疼痛。此外，应对患者尤其是青春期少女进行有关月经的生理知识教育，减少和消除其恐惧情绪。
患者应保证一定量的睡眠和休息，可采取侧卧位或下蹲等姿势来缓解疼痛。此外，患者还需进行规律且适度的锻炼，必要时热敷或按摩下腹部，这些方式均对缓解疼痛有一定帮助。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
患者可在医生指导下使用下列药物，缓解症状。
通过抑制前列腺素合成起到止痛作用。常用一线药物有布洛芬、吲哚美辛、萘普生等，建议患者在月经来潮、疼痛出现后开始服药。用药后需监测药物可能导致的腹泻、消化道出血等副作用。
通过减少月经量和抑制排卵降低前列腺素、血管加压素等水平，从而抑制子宫活动并缓解疼痛，患者应密切注意可能存在头痛、乳房疼痛、疲倦等副作用。
通过抑制钙离子内流来解除子宫痉挛性收缩，改善子宫供血，从而治疗痛经。常用药物有尼卡地平等。
通过降低花生四烯酸磷脂的释放，从而降低前列腺素水平，缓解痛经。
对于药物治疗无效的顽固性病例，可采用骶前神经节切除术和子宫神经部分切除术来缓解患者症状，效果良好。由于手术可能存在输尿管损伤等风险，同时具有一定复发率，应谨慎使用。对于无生育要求的患者可进行子宫切除术。
中医理论认为功能性痛经是由于患者气血运行不畅导致，故治疗以通调气血为主。临床常用当归、芍药、川穹、茯苓、白术、泽泻组成的当归芍药散来治疗功能性痛经，效果显著。
可减轻痛经症状，是一种安全有效的非药物手段。推拿方式为患者侧卧时，下方的腿伸直，上方的腿弯曲，然后在脊椎和骶髂关节处反复按摩。
用于药物治疗无效、副作用不能耐受等患者。用电极刺激感觉神经，可迅速缓解疼痛，减轻痛经程度。
