尤文肉瘤的后遗症风险取决于许多因素，例如肿瘤的大小和位置，所接受的治疗及剂量，以及确诊时的年龄。部分化疗药物或胸部放疗，可能会引起心脏或肺部问题。放疗会导致儿童骨骼生长减慢，在年幼儿童中影响尤为明显。例如，辐射到一侧腿部的骨骼，可能会导致这条腿将来比另一条腿短。盆腔肿瘤及其治疗可能会影响患者性发育和生育能力。
如果患者进行了保肢手术，移植骨或内置假体的存在可能会影响患者参与许多体育活动。截肢和旋转成形术也会对肢体运动能力造成一定的影响，不过通常比保肢手术影响要小。
此外，放化疗还可能导致二次肿瘤的风险。对尤文肉瘤患者来说，二次肿瘤风险以骨肉瘤居多。因此，治疗后的随访复查非常重要，如果出现问题，可以尽早发现并治疗。
