本病诊断主要以影像学检查为主。
若临床遇到急慢性胰腺炎或上腹损伤的患者，出现上腹疼痛、饱满、包块, 伴胃肠道功能障碍，体检时触到上腹圆形或椭圆形的囊性肿物，边界不清、位置固定、有深压痛, 应考虑胰腺囊肿的可能。
经CT、超声检查即可作出诊断。
主要与胰腺囊性疾病（如胰腺浆液性囊腺瘤\胰腺黏液性囊腺瘤等）及胰腺癌（特别是合并出血坏死）鉴别。
尤其要注意的是，良性的假性胰腺囊肿与胰腺粘液性囊腺瘤恶变病变需要鉴别，超声内镜引导下细针穿刺有助于鉴别，同时可对穿刺出的囊液进行肿瘤标志物化验，若CEA＞400ng/mL，则强烈提示恶性病变。
