胰腺假性囊肿形成6周内，无症状或不伴有感染、出血等并发症时，部分患者假性囊肿不经任何治疗可能自行吸收，因此可暂不作处理，随访观察；当症状明显、囊肿较大、且持续时间>6周，或囊肿体积短期内快速增大以及出现并发症时，则需及时治疗。
治疗方法包括超声内镜、内镜、腹部超声或外科手术（包括腹腔镜）清创/引流等，超声内镜引导下引流术是目前胰腺假性囊肿的首选治疗方法，应用广泛。
治疗假性囊肿（内引流术或手术）。
具体措施包括：
无法口服、需禁食禁水的患者，可通过全肠外营养或鼻饲营养进行支持，补充身体必须营养成分。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
如生长抑素，可抑制胰腺外分泌功能，促进疾病恢复。
可先经验性使用抗菌药物，再根据穿刺液化验结果选择针对性的抗菌药物。常用药物包括碳青霉烯类、喹诺酮类、第三代头孢菌素、甲硝唑等。
胰腺假性囊肿外科手术方法以内引流手术为主，包括超声引导下经皮穿刺引流术、超声内镜引导下经胃壁穿刺支架引流术、腹腔镜手术及传统外科手术。其中外科手术和腹腔镜手术创伤及风险大，出现胰瘘等并发症风险多。
对于伴有感染的患者，将胰腺内积聚的脓液引流出去后，可有效缓解患者感染中毒症状。PCD虽然操作简单、经济，但其治疗成功率低，复发率高，因此在各治疗方法中优势不显著，因此近几年已经较少使用，可作为内镜引流失败患者的治疗手段。
目前已逐步成为主要的治疗方法。手术是在超声内镜引导下，将穿刺针经消化道管壁穿刺到囊肿腔内，然后球囊扩张穿刺针道，再置入支架或引流管进行引流。适用于囊肿直径大于6cm或短期内迅速增大，形成时间超过6周，伴有明显腹痛、腹胀、纳差、消化道梗阻、黄疸、门静脉高压等症状，伴有囊肿内破裂出血或感染的患者。
因传统剖腹引流手术虽然成功率高，但治疗创伤大、恢复慢、并发症发生率较高，目前已很少应用，已逐渐被各种微创引流手术方法所替代。
包括通过腹腔镜切开囊壁，吸净囊内液体，并放置引流管的外引流方法；以及囊肿-胃吻合、囊肿-空肠吻合的内引流方法。腹腔镜创伤小、术后恢复快，但技术难度高，因此目前临床上尚无大规模开展。
