自身免疫性肝炎如迁延不愈，会进展为肝硬化，肝硬化时肝脏的微观结构紊乱，会引起流向肝脏的门静脉血流出现不同程度的受阻，当通过门静脉的血液循环受阻时，血液可能会回流到其他血管中。主要是胃和食道中的血管，引起静脉曲张，如曲张的静脉破裂，则会引起大出血，危及生命。
肝硬化门静脉高压，以及低蛋白血症等诸多因素，会导致大量液体积聚在腹部，形成腹腔积液。腹水可能会干扰呼吸，通常是晚期肝硬化的征兆。
当肝细胞受到广泛损害而使肝脏无法充分发挥功能时引起肝功能衰竭。此时，需要进行肝移植。
自身免疫性肝炎进展至肝硬化的患者，罹患肝癌的风险也会增加。
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