医生会对患者的腹部进行全面的视诊、触诊、叩诊及听诊，初步判断患者腹腔内感染情况。如果患者体表有“破口”形成，医生还会检查“破口”周围皮肤情况，观察是否有溃疡、红肿及出血等表现。
医生可能会建议患者做血常规、血生化等检查来判断患者是否有感染、营养不良和代谢紊乱，检查引流物，以判断其性质。
医生会从“破口”处直接注入造影剂，这样可以完整的了解肠瘘的形状及位置等。
消化道造影检查有助于医生了解整个胃肠道的情况，判断肠瘘的位置及肠道是否通畅。
腹部CT和B超有助于医生判断腹腔内是否有感染、积液或脓肿形成。
