除入院后视患者情况例行的常规实验室检查（如血、尿常规等），本病的辅助诊断主要依赖影像学检查，必要时医生会通过其他检查排除其他疾病可能。
儿童型肠套叠首选B超。B超无创、廉价、便捷，在有经验的超声科医生的检查中，B超诊断儿童型肠套叠的准确率可达90%以上甚至接近100%。
CT是在成人腹痛诊疗中应用最为广泛的检查，肠套叠在CT下可表现为靶征或同心圆征，可观察到近端肠管系膜血管及脂肪进入到远端肠管管腔。
钡剂灌肠既可以作为一种检查手段，又可以作为一种治疗手段，当钡剂到达套叠部位时可以表现为充盈缺损，呈现杯口状或钳状。但由于该检查是有创检查，且伴有潜在的肠穿孔风险，应用不如CT和B超普遍。
