肠套叠的典型症状是阵发性腹痛、便血和腹部包块。随着疾病的进展，有可能会出现腹胀、呕吐等肠梗阻症状，严重者可出现肠坏死，可引起高热、意识丧失甚至死亡。
肠套叠的典型症状是：阵发性腹痛、便血和腹部肿块，被称为肠套叠三联征。
既往健康肥胖的婴幼儿突然发作剧烈的有规律的阵发性绞痛，每次绞痛常持续15~20分钟，由于婴幼儿不能自主描述症状，出现腹痛时常表现为阵发性哭闹，可反复发作。
肠套叠发生时跟随小肠套入相邻肠管内的还有小肠的系膜，而小肠系膜内有小肠的血管，随着肠管的蠕动，被套入的肠管会越来越多，系膜内的血管极易受到压迫，当小肠出现缺血时，肠黏膜坏死、脱落以及出血，表现为便血，婴幼儿的血便酷似果酱，又称为果酱样大便。
发生肠套叠的小肠由于是肠管套肠管，因此这段小肠偏粗、偏硬，婴幼儿的肚皮较薄，约有60%的患儿在触摸腹部时可摸到腊肠样的肿块，即发生套叠的肠管。
在实际的临床中，仅有少数患儿会出现典型肠套叠三联征，大多数人仅有1~2个典型症状。
成人型肠套叠的症状大都缺乏特异性，最常见的症状是腹痛，可以是急性的阵发性绞痛，也可以是持续数月甚至更久的慢性隐痛。由于成人肚皮较厚，很少能摸到腹部的肿块，当套入的肠管过多引起肠梗阻或肠缺血时可以出现恶心、呕吐或便血、腹膜炎等症状。
婴幼儿可伴有手足乱动、面色苍白、拒食或呕吐等症状。当患者出现高热、嗜睡、严重的腹胀或腹肌紧张等情况时，往往提示发生了肠坏死。
