肠套叠一经确诊，应尽快进行干预，避免出现肠坏死。
儿童型肠套叠可在超声或X线实时监测下，行空气或造影剂灌肠，将套进去的肠管推回原位；如复位失败或怀疑出现肠坏死，应行手术治疗。
成人型肠套叠往往是由肠道的病理性改变引起，诊断明确时通常建议行手术治疗。
肠套叠若长时间未得到处理，可导致嵌入肠道缺血，继而出现肠坏死、穿孔，引起腹膜炎，甚至导致休克。
休克表现为高热、烦躁或意识淡漠、四肢冰凉、脉搏细弱、呼吸浅快或明显变慢等。一旦怀疑患儿出现休克，需立即行积极的液体复苏、纠正酸中毒及电解质紊乱，予抗生素抗感染、血管活性药物维持血压等抗休克治疗，在积极抗休克的同时准备急症手术治疗。
由于进食会加强肠蠕动，从而加重肠套叠，因此，急性肠套叠时应禁食。对无症状的肠套叠患者也应控制饮食或进流食。
对于套叠时间短（48小时内）、一般状况良好、无明显脱水和电解质紊乱的小肠-结肠型或结肠-结肠型肠套叠患儿，可在超声或X线的实时监测下行空气灌肠或水溶性造影剂灌肠。
在B超或X线实时监测下，自患儿肛门或尿道口处往直肠里注入空气或水溶性造影剂，直至套叠的肠管被缓慢推回原位。
在有经验的医疗机构，通过这种方法复位，成功率可达70%~85%，但该操作有肠穿孔的风险，穿孔概率＜1%。
另外，大约有10%的患儿在非手术复位之后会复发，其中约半数复发出现在复位成功后的72小时，可能跟复位后的肠道水肿或炎症有关，其余复发时间可能出现在数周或数月后。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
肠套叠引起的肠坏死或肠穿孔可能会导致腹腔感染及全身炎症反应，对伴感染征象的患者应使用覆盖常见肠道致病菌的广谱抗生素联合抗厌氧菌药物治疗。
对于怀疑有肠坏死、腹膜炎，以及灌肠治疗失败的婴幼儿患者应急诊行剖腹探查术，如有肠管坏死则切除坏死段小肠，后行手动复位，即将套进去的肠管拉出来。对于反复发生肠套叠、怀疑有肠道器质性病变的婴幼儿也应行剖腹探查术。
成人型肠套叠多继发于肠道病变，诊断明确时应行剖腹探查术。如果是憩室或息肉等良性病变可切除病变肠管，如果是肿瘤导致且肿瘤分期偏早应行肿瘤根治手术。对合并肠梗阻、肠坏死表现的患者应急诊手术治疗。
