多囊肾病常见的并发症有高血压、肾结石、尿路感染、肝囊肿、脑动脉瘤、心脏瓣膜异常等。
几乎所有患者肾衰竭时，都有高血压。若高血压持续，会加速肾功能的衰退，也会增加心脏疾病、卒中的发生率。
肾结石是本病的常见并发症，可能同时合并囊肿感染、出血、尿路感染、囊肿压迫周围组织等。
囊肿会阻止尿液流出，尿液内细菌滋生，造成囊肿感染、肾盂肾炎或膀胱感染，进一步损伤肾脏。
多囊肾病患者发生肝囊肿的概率随年龄增加不断升高。
多囊肾病患者，容易合并脑动脉瘤，是患者早死的重要原因。
成年多囊肾病患者，可能出现心脏瓣膜异常。
