一部分肺栓塞患者会出现类似冠心病症状如胸闷、心绞痛样胸痛，且心电图有心肌缺血样变化，心肌损伤标志物升高，易被误诊为心绞痛或心肌梗死。
但冠心病做冠脉造影可见冠状动脉显著狭窄甚至闭塞合并血栓形成，心电图和心肌酶水平变化有特异性，可做检查进一步鉴别。
肺栓塞有咳嗽、咯血、呼吸困难、胸痛等症状，尤其合并发热时易被误诊为肺炎。肺炎常伴有全身感染表现，应加以鉴别。
肺栓塞会出现胸痛症状，应与主动脉夹层相鉴别。主动脉夹层多有高血压，且疼痛较剧烈，胸部X线检查、心血管超声、CT主动脉造影等影像学检查均可鉴别。
肺栓塞可引起胸腔积液、晕厥、休克、肺动脉压力增高，临床上应注意将可引起这些并发症的疾病与肺栓塞相鉴别，以免误诊、贻误病情。
