肝外胆管结石通常是由于胆道感染、胆汁淤积、胆道寄生虫、胆管解剖变异等因素造成。肝内胆管结石、胆囊结石患者也可因结石随胆汁进入肝外胆管导致继发性肝外胆管结石。此外，中老年女性、肥胖、喜好油腻食物、有肝胆疾病史为本病的危险因素。
肝外胆管结石的常见病因有如下几种。
为主要病因。肠道细菌如大肠杆菌、肠球菌等可进入胆道，产生慢性炎症，使黏膜上皮增生，胆红素钙生成加快，形成结石。
胆道内胆汁流通缓慢时，胆汁可淤积并与钙结合而沉淀，在胆管内逐渐增大，形成结石。
如胆道吸虫、蛔虫等，可刺激胆道壁增厚和纤维组织增生，引起感染使胆红素钙沉淀，形成结石，其死亡后的虫卵和虫体为结石的形成提供了核心。
胆管狭窄、胆管节段性扩张等胆管异常可影响胆汁正常排出，形成胆汁淤积，是导致胆管结石的因素之一。
40岁以上的女性会受到激素的影响，可影响胆囊排空功能，造成胆汁淤积，进而导致结石。小的胆囊结石可通过胆囊管进入肝外胆管引起继发性肝外胆管结石。
常进食油腻、高脂、高胆固醇食物的人群，以及饮食不规律，不吃早餐的人群，容易产生结石。
肥胖人群通常有高胆固醇症，易形成胆固醇结石。
有胆道结石病史以及肝脏疾病的人群，可损伤胆管，容易产生结石。曾接受oddi括约肌切开手术的患者容易发生胆道返流，导致结石形成。
