直径小于4mm的结石存在自行排出的可能，患者如无症状，可定期复查，根据检查结果决定是否需要手术治疗。超过4mm的结石一般很难自行排出，即使没有症状也应积极考虑手术治疗。对于存在胆道梗阻甚至是胆管炎的患者更应尽早治疗，治疗原则为尽可能在手术中取尽结石，去除感染病灶，解除梗阻，保证手术后胆汁引流通畅。药物治疗为辅，主要为对症治疗，缓解患者症状。
若患者合并胆管炎发作时，可有剧烈腹痛、发热等症状，应立即就医、控制感染，预防胆道感染发展为急性梗阻性化脓性胆管炎。
需要对患者加强营养支持，给予低脂高蛋白饮食，补充维生素，纠正水、电解质和酸碱平衡紊乱。此外，患者最常见症状为腹痛，多需要应用解痉镇痛药物来缓解疼痛。当患者有明显腹部绞痛伴寒战发热，怀疑存在胆道梗阻时，应禁食禁水。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
早期医生可经验性选择在胆汁中浓度较高、针对革兰阴性细菌的抗生素，起到控制感染的作用，之后根据药敏实验结果针对性使用抗生素。
如山莨菪碱类药物，对于腹痛剧烈的患者，可在医生指导下使用解痉镇痛药物，缓解疼痛。
如熊去氧胆酸等，主要为对症治疗，起到缓解胆汁淤积和炎症的作用。其排石疗效尚未得到证实。
若患者出现肝功能异常，可在医生指导下酌情应用保护肝脏的药物。
为主要治疗方式，基本治疗措施为胆总管切开探查、取石，根据胆道感染情况、结石情况以及胆管内径决定是否进行T管引流。
为首选方法，适用于单纯胆总管结石、胆管上下端通畅、无狭窄或其他病变的患者。可采用腹腔镜或开腹手术，手术中需尽量取干净结石。胆管炎症不重，确定结石取净的患者可以一期缝合胆管，不留置T管；如果胆管炎症较重、结石多发或胆管内径较细者，宜在胆总管内留置T管，起到引流胆汁和残余结石、减压的作用。术后主要并发症为胆漏、残余结石或复发等。
适用于胆总管远端狭窄伴梗阻无法解除、胆总管扩张，或胆胰汇合部异常，或胆管因病变而部分切除的患者。手术内容包括：于胆管狭窄部上方横断胆管，远端缝合封闭；于空肠近端横断空肠，将远侧断端提至肝门附近于胆管近侧断端进行端侧吻合；将近端空肠断端与胆肠吻合口远端40cm处的空肠进行肠肠吻合。术后主要并发症为胆道逆行感染、吻合口狭窄、肝内胆管结石等，应谨慎应用此法。
密切观察患者生命体征、腹部状态及引流情况，及时调整水、电解质平衡，合理应用抗生素，维持患者良好营养状态。胆总管内留置T管者需保持T管引流通畅，定期更换引流袋，防止感染。开腹手术者术后2-4周左右行T管造影，确认无残余结石和胆漏后可拔管；腹腔镜下手术者因窦道形成较慢，为防止胆漏，一般需留置T管4-8周。
内镜下oddi括约肌切开取石（EST）也是治疗肝外胆管结石的有效方法，具有创伤下、恢复快的优势，但是EST手术破坏了oddi括约肌的功能，术后容易反复发作返流性胆管炎和结石复发。因此，目前一般仅在高龄、体质差、手术耐受力差的患者中推荐实施EST取石。对于接受过胆囊切除手术或胆管结石结石反复复发的患者，也应考虑进行EST取石。 若外科手术后T管造影发现存在残余结石，可在术后12周拔除T管后，经T管窦道进行胆道镜取石。
以上方法具有操作简便，创口小，恢复快的特点，但并非每个患者都适合，需根据不同患者的病情特点选择治疗方式。
