引起颈肩痛的原因很多，绝大多数的颈肩痛，是由于不当运动、过度劳累以及姿势不正确所致的颈肩部扭伤和劳损。
其次，颈椎病，冻结肩，肩袖损伤、外伤及退变，也包括蛛网膜下腔出血、脑出血、冠心病、心肌梗死、肿瘤、感染、胃部及胆囊胰腺疾病以及颞颌关节紊乱等因素均可引起颈肩痛。
按照造成颈肩部疼痛的病因，可分为以下几类。
颈肩部软组织包括肌肉、肌腱及韧带,软组织损伤可导致颈肩部僵硬以及肌肉痉挛性疼痛。颈肩部软组织损伤可分为急性损伤、慢性损伤。
肩袖由覆盖于肩关节的四组肌腱组成，使肱骨头稳定于肩胛骨关节盂。
肩袖损伤的原因：
挥鞭样损伤是头部剧烈前后晃动时造成的颈部肌肉、肌腱及韧带的撕裂伤，通常系由突发意外撞击所致。常见于各种冲击、碰撞型运动；突然的急刹车、追尾、碰撞事故；突然转头、被人从后面推或背物体撞击等都容易对颈部肌肉、肌腱与韧带产生应力而造成损伤。
颈椎病系由颈椎退行性改变所致，与年龄增长与老化，经椎间盘水分下降及磨损有关，在脊柱外科领域，常谈及的颈椎病，主要指的是神经根型颈椎病、脊髓型颈椎病和混合型颈椎病。这几种颈椎病都可引起颈肩的疼痛。
锁骨位于颈肩基部皮下，呈S形，连接胸骨柄与肩峰。锁骨骨折有明确的外伤史，多为间接暴力所致，上肢外展跌倒时容易导致锁骨骨折，儿童及青壮年多见。
肩胛骨为三角形扁骨，覆盖于后侧胸壁，通过盂肱关节、肩锁关节等与躯干骨相连，其作用为上肢活动提供稳定的平台，协助肩关节完成上肢上举运动。
肩胛骨骨折有明确的外伤史，多为强大的直接暴力所致，比如车祸伤。临床表现以肩胛部肿胀、剧烈疼痛、压痛及肩关节活动障碍等为主。
又称粘连性肩关节囊炎，俗称“五十肩”，临床表现为不明原因的肩关节周围疼痛，夜间重，肩关节各个方向主动和被动活动障碍，且进行性加重，造成肩关节活动障碍，40~60岁中老年人多见，糖尿病和甲状腺功能减退患者更易患冻结肩。
肩袖周围的肌腱和滑囊更易发生炎症，导致肩部疼痛和僵硬。
肌腱为肌肉末端的结缔组织纤维索，肌肉通过肌腱附于骨骼或其他结构。肌腱炎通常是指由于肌肉纤维过度使用，反复强烈牵拉而引起肌腱胶原纤维退行性病变。在肩部，肌腱炎通常影响肩袖的肌腱或将肩胛骨连接到肱二头肌的肌腱。
滑囊位于关节附近的骨突与肌腱或肌肉、皮肤之间。凡摩擦力或压力较大的地方，都可有滑囊存在。滑囊炎是指滑囊的急性或慢性炎症，通常由关节的损伤，过度使用和重复运动引起。然而，感染和炎症如关节炎和痛风也会引起滑囊炎症。
肩锁关节为锁骨外侧与肩胛骨之肩峰（肩胛骨最高处）内缘所构成的滑动关节。上肢内收时肩峰直接遭受暴力易导致肩锁关节分离的发生。临床表现为局部肿胀、疼痛、压痛，肩峰处锁骨端隆起，肩关节外展活动受限。
因颈肩部神经支配区相互连续及交叉重叠，颈部及肩部的疼痛常易混淆。比如，表现为肩部痛，但实际上病变在颈部，反之亦然。
颈肩部骨与关节、软组织发生急性化脓性感染者常引发急性持续性疼痛，急性或慢性病程，局部红肿热痛表现，体温升高。
骨质疏松症为多种原因导致骨密度和骨质量下降，骨微结构破坏，造成骨脆性增加的全身性骨病，故也涉及颈肩，表现为静息痛，姿势变化时痛，睡觉时常被痛醒，活动后缓解，但过多活动和劳累后加重，行走不稳，易跌倒。
颞颌关节功能紊乱也可引起颈肩痛。头颈部和口腔周围肌肉有密切联系。颞肌、咬肌和舌骨上、下肌群与颈部肌肉相连接,组成姿态肌群，维持着下颌和颈椎的位置。所以颈椎可能影响到颞下颌关节,反之亦然。
当出现药物中毒性、工业中毒性和金属中毒性末梢神经炎时，患者表现为双上肢麻木，或者套氏感觉减退麻木，就像双手戴了手套，或者双手臂戴了护套一样的麻木。
骨科疾病相关的颈肩痛与天气变化有一定相关性，尤其是温度变化，若环境经常潮湿或寒冷，如夏天的空调环境、潮湿的矿井等，温度下降时颈肩部周围软组织温度随之下降，局部肌肉和神经的血运减少，易诱发颈肩部疼痛和僵硬的产生。
长期接触化学制剂，或者某些特别的金属，也有可能会导致工业中毒性或金属中毒性末梢神经炎。
因为工作或者生活习惯，长期置颈椎于不良体位和（或）姿势，会导致颈肩部肌肉、肌腱及韧带劳损，颈肩部肌肉僵硬不适，严重者可压迫神经，导致上肢及手部麻木，无力等表现。
常见的不良姿势及睡眠体位：
