肾结石相关的实验室检查包括尿常规、肾功能检查、血常规、凝血常规等。胆结石一般需行肝功能检查，在胆道梗阻早期血清中的谷丙转氨酶、谷草转氨酶升高。当怀疑有并发症的情况下，还需要检查血常规、CRP、降钙素原、血清淀粉酶、脂肪酶等指标。
肾结石的诊断主要依靠影像学结果，如在影像学检查中发现肾脏、输尿管和膀胱存在结石以及尿路梗阻的体征（如肾积水），即可确诊为肾结石；胆结石的影像学检查主要为腹部超声。
大多数肾结石患者的首选检查方法为低剂量腹部和盆腔CT平扫，因为其能够检测肾积水，且检测肾结石的诊断准确性最高，大多数医疗机构可进行该检查。检查结果为阳性时，CT还可准确描述结石的大小和位置，有助于制定治疗计划。
如果肾结石患者已接受或极可能要接受多次CT检查，那就应首选超声，因为超声检查替代CT可最大程度减少辐射累积剂量。但与CT相比，超声检测结石的敏感性较低，且不能准确测定结石大小和位置。但腹部超声是胆结石患者的首选检查项目，腹部超声可评估胆结石位置和胆总管扩张的情况，且敏感性较高。
指在应用静脉碘化造影剂前后完成腹部X线平片，该检查能够可靠地检测肾积水，但检测结石的敏感性和特异性不如CT。
