体查可触及左下腹存粪的肠袢。直肠指检可发现直肠肿瘤、痔疮、肛裂、炎症、狭窄、坚硬粪块堵塞及外来压迫、肛门括约肌痉挛等。当直肠便秘时，亦可查到直肠内有多量干燥的粪块存在。
观察粪便的形状、大小、坚度、有无脓血和黏液等。直肠便秘时，由于直肠平滑肌弛缓，排出的粪便多呈块状；而痉挛性结肠便秘时，粪便常呈羊粪状。存在结肠肿瘤者可有粪便隐血阳性。
胃肠钡餐检查对了解胃肠运动功能有参考价值。便秘时钡剂可有排空延迟。钡剂灌肠，特别是结肠低张双重造影，对发现便秘的病因、诊断慢传输型便秘有一定帮助。排粪造影则对诊断出口梗阻型便秘有一定帮助。
吞服一定数量不透X线的标志物，定时拍摄腹片，可了解到标志物在胃肠道内运行的速度及分布，是诊断慢传输型便秘廉价、简便、安全的检查方法。
可直观了解结直肠肠腔内部结构，观察结直肠黏膜以及腔内有无病变和狭窄。
肛管直肠测压是利用压力测定装置置人直肠内，通过肛门收缩与放松，检查内外括约肌、盆底、直肠功能与协调情况的一种检查方法。对发现便秘的病因、诊断出口梗阻型便秘有一定帮助。
盆底肌电图检查是用于判断了解括约肌缺损的部位及范围的一种检查方法。通过记录盆底肌肉在静息、排便状态下电活动变化，来了解盆底肌肉的功能状态及神经支配情况。
