肾结石的形成过程是某些因素造成尿液中成石物质浓度升高或溶解度降低，呈过饱和状态，析出结晶并在局部生长、聚积，最终形成结石。
尿路结石大多是由人体代谢产物构成，不同成分的结石可以反映体内相应成分的代谢异常。尿液内常见的成石成分包括钙、草酸、尿酸和胱氨酸等，任何生理紊乱造成成分异常都可能启动结石形成和促进结石生长。
由尿路系统局部因素所致的结石，多是在其他病变基础上形成的。尿路梗阻、感染和尿路中存在异物是诱发结石形成的主要局部因素，梗阻可以导致感染和结石形成，而结石本身也是尿路中的异物，后者会加重梗阻与感染的程度。
药物引起的肾结石占所有结石的1%~2%，分为2大类：
气候可以直接或者间接诱发结石形成，夏季是发病高峰，排汗和呼吸丢失的水分增加导致尿液浓缩。其次是日照时间延长，人体合成1,25-双羟维生素D增加，体内钙的含量增加，尿钙的排泄增高，易形成结石。
水分摄入不足可致尿液浓缩，过量食入动物蛋白、钠、钙，长期低镁饮食，维生素A、B6缺乏时也会增加肾结石的风险。山区饮用水未净化，含较多矿物质可能会增加结石风险。
长期服用糖皮质激素、维生素C（每日服用超过4g）、磺胺类药物以及使用头孢曲松钠均会导致肾结石的风险升高。
尿中钙、草酸、尿酸和胱氨酸等浓度升高会促进肾结石形成。
尿路感染、尿路梗阻以及尿路异物可促进肾结石的形成。
