根据疼痛、血尿等典型症状，肾脏叩痛等体征，可初步诊断，超声等影像学检查可明确诊断。
结石位于输尿管的位置不同，临床表现不同。常见表现为疼痛、血尿，容易与肾结石混淆，影像学有助于鉴别。
膀胱结石亦可表现为下腹部疼痛、排尿困难、血尿，若结石落于膀胱颈会引起尿流突然中断，改变体位后缓解，B超以及泌尿系平片可确诊。
主要表现为会阴部剧烈疼痛后出现急性排尿困难，多数尿道结石可被扪及，X线以及尿道镜可明确诊断。
胆囊结石可致胆绞痛，易与右侧肾绞痛相混淆。胆结石合并有胆囊炎时，可出现右上腹部持续性疼痛，阵发性加剧，墨菲征阳性。鉴别胆结石和肾结石可依据B超检查。
肾盂肿瘤多为乳头状尿路上皮癌，男性多于女性。早期表现为无痛性血尿，但无明显肿块；晚期因肿瘤增大，造成梗阻引起肾积水时可出现肿块。
右侧肾结石患者出现肾绞痛时，需与急性阑尾炎进行鉴别。转移性右下腹痛是急性阑尾炎的特点。
卵巢囊肿蒂扭转的典型症状为突然发生剧烈腹痛，甚至发生休克、恶心、呕吐。妇科检查发现有压痛显著、张力较大的肿块并有局限性肌紧张。
异位妊娠破裂、胃炎、胃溃疡、淋巴结钙化、胆道蛔虫病、肾结核等。
