相关症状的产生取决于结石的大小、形状、所在部位和有无感染、梗阻等并发症。常见的症状有腰腹部疼痛甚至绞痛、血尿、恶心、呕吐、烦躁不安、腹胀等。如果合并尿路感染，可出现畏寒、发热等症状。
患者多有腰部的疼痛，疼痛程度取决于结石的大小和位置：
肾绞痛是ー种突发性严重疼痛，多在深夜至凌晨发作，从腰部或胁腹部开始，沿输尿管向下放射到膀胱甚至睾丸。 疼痛可持续数分钟至数小时。发作时患者面色苍白，辗转不安，可伴恶心呕吐。
多发生在疼痛之后，血尿一般轻微；少数血尿为肉眼血尿，大部分为镜下血尿。
少数患者可能发觉自行排出细小结石，俗称尿砂，是诊断尿石症的有力证据。
少数结石可能并发尿路感染或本身就是感染石。在儿童结石患者中，继发性尿路感染可能是主要的临床表现，但诊断时容易忽略结石的存在。
