由于结石的性质、形态、大小、部位不同、患者个体差异等因素导致治疗方法和疗效也不相同。因此对于肾结石的患者需要实施个体化治疗，有时需要综合治疗。
当出现肾绞痛和感染时应立即处理。感染患者应及时应用抗生素治疗，必要时可行肾穿刺引流。肾绞痛患者，轻度疼痛可服用非甾体类镇痛抗炎药物，配合解痉类药物治疗，疼痛剧烈可注射哌替啶镇痛。双侧输尿管结石合并梗阻无尿患者，应立即行手术治疗。
调整生活方式有助于肾结石的预防和治疗。
对首次发作的肾绞痛治疗应该从非甾体抗炎药开始，如果疼痛持续，可换用其他药物。吗啡和其他阿片类药物应该与阿托品等解痉药一起联合使用。
常用药物有双氯芬酸钠和吲哚美辛等，它们具有中等程度的镇痛作用。双氯芬酸钠还能够减轻输尿管水肿，减少疼痛复发率，常用方法为50mg，肌肉注射。吲哚美辛也可以直接作用于输尿管，用法为25mg，口服，或者吲哚美辛栓剂100mg ，肛塞。
为阿片受体激动剂，具有较强的镇痛和镇静作用，常用药物有二氢吗啡酮（50~10mg），肌肉注射；哌替啶 （50~100mg） ，肌肉注射；布桂嗪（50~100mg），肌肉注射；曲马多（100mg） ，肌肉注射等。
阿片类药物在治疗肾绞痛时不应单独使用，一般需要配合阿托品、654-2等解痉类药物一起使用。
分为M型胆碱受体阻断剂、黄体酮、α受体阻滞剂（坦索罗辛）、钙离子阻滞剂，常用药物有硫酸阿托品和山莨菪碱（654-2），可以松弛输尿管平滑肌，缓解痉挛。
临床上绝大多数尿路结石可以通过微创的治疗方法将结石粉碎并排出体外，只有少数比较小的尿路结石可以选择药物排石。
双氯芬酸纳能够减轻输尿管水肿，减少疼痛发作风险，促进结石排出，可用于输尿管结石。
坦索罗辛是一种高选择性α-肾上腺素能受体阻滞剂，使输尿管下段平滑肌松弛，促进输尿管结石排出。
可口服枸橼酸氢钾钠或碳酸氢钠片，碱化尿液以及口服别嘌呤醇加速尿酸排出。
冲击波源发出的冲击波对准结石连续发射，结石被逐渐粉碎成细砂，随后经尿液排出体外。ESWL的最佳适应证是直径为5~20mm的肾盂及中、上盏结石。孕妇以及结石远端尿路狭窄、凝血功能障碍、肾衰竭、急性尿路感染、严重心律失常和结石体积过大的患者均不适合ESWL。
将肾镜从体外穿入肾盂肾盏内进行体内碎石，主要用于治疗一些复杂性肾结石，如≥2cm的肾结石、鹿角形结石、多发性肾结石及体外冲击波难以粉碎和治疗失败的结石。
需要注意，虽然PNL是一种微创手术，但它仍然有一定的侵入性和风险。所以，在决定使用这种治疗方法之前，必须对患者手术条件进行仔细评估，以避免并发症的发生。
经尿道置入输尿管镜，用套索或钳子将结石取出，若结石较大可采用超声、激光等方法进行碎石，然后再取出。该方法适用直径<2cm的肾结石，主要包括中、下段输尿管结石，ESWL失败的输尿管上段结石，X线阴性的输尿管结石，停留时间长的嵌顿性结石。
该技术利用泌尿道的自然腔道，无需建立其他创伤性通道，创伤小、恢复快、疗效好(优于ESWL)，临床应用前景广阔。
由于开放性手术创伤较大，且其他手术技术发展迅速，开放性手术在肾结石治疗中的运用显著减少。但是开放性手术取石在某些情况下仍具有极其重要的临床应用价值， 比如在其他手术治疗方式存在禁忌证、出现并发症或治疗失败的情况时。
中医治疗以清热利湿，通淋排石为主，佐以理气活血、软坚散结。常用的成药有尿石通等；常用的方剂如八正散、三金排石汤和四逆散等。
针灸疗法无循证医学的证据，可以作为辅助疗法。包括体针、电针、穴位注射等。常用穴位有肾俞、中脘、京门、三阴交和足三里等。在肾绞痛发作时，针刺三阴交穴、肾俞穴和（或）手背的腰腿穴，也常能收到迅速有效的镇痛效果。
中草药排石治疗尚缺乏大规模临床研究证明其安全性，因此需要在中医师或中药师指导下进行。
溶石治疗，是通过化学的方法溶解结石或结石碎片，以达到完全清除结石的目的，是一种有效的辅助治疗方式，常作为体外冲击波碎石、经皮肾镜取石、输尿管镜碎石及开放手术取石后的辅助治疗。对于感染性结石、胱氨酸结石、尿酸结石治疗效果显著。
