较常见的并发症之一。通常在初期不会并发，一般到后期瓣膜被破坏并穿孔以及其支持结构如乳头肌、腱索等收到损伤，引起瓣膜功能不全，或者原有的功能不全加重，多会诱发心力衰竭，且为本病的首要致死原因。
常见于急性感染，可引起传导阻滞，它并发于金葡菌、肠球菌的感染，尤其是凝固酶呈阳性的葡萄球菌，均为多发性或单发性脓肿，当心肌脓肿的直接播散或主动脉瓣环脓肿破入心包，多会造成化脓性心包炎、心肌瘘管、心脏穿孔等。
发生率一般在10%～15%。其主要表现为头疼、精神混乱、恶心、失眠、眩晕等症状，脑部血管感染性栓塞引起的一系列症状，以及由于颅神经、脊髓、周围神经损害引起的偏瘫、截瘫、失语、定向障碍、共济失调等运动、感觉障碍和周围神经病变。
