新生儿生理性黄疸是由于小儿出生时胆红素产量大于排泄量所造成的。
新生儿病理性黄疸是由于胆红素生成过多（高胆红素血症）、肝脏胆红素代谢障碍或胆汁排泄障碍等多种原因导致的，相关疾病包括新生儿败血症、新生儿溶血、新生儿肝炎综合征、红细胞增多症、先天性胆道闭锁等。
是由于其本身代谢特点所致，常见原因包括以下几点。
胎儿红细胞数量多、寿命短，出生后红细胞破坏增加，导致胆红素生成过多。
刚分娩出的新生儿常有不同程度的酸中毒，可减少胆红素与白蛋白结合。早产儿胎龄越小，白蛋白含量越低，其结合胆红素的量也越少。
新生儿出生时肝细胞内相关蛋白含量极微，肝脏中处理胆红素转化的关键酶的活性只有成人的1%，没法及时处理生成的大量胆红素。早产儿则更为明显，可出现暂时性肝内胆汁淤积，导致胆红素增高。
新生儿肠蠕动性差和肠道菌群尚未完全建立，肠道内相关酶的活性相对较高，可将结合胆红素转变成非结合胆红素，再通过肠道重吸收，导致血胆红素水平增高。
因过多红细胞的破坏及肠-肝循环增加，使胆红素增多。常见相关疾病有新生儿溶血病、红细胞增多症、血管外溶血、新生儿败血症、红细胞酶缺陷或形态异常等。
肝细胞摄取和结合胆红素功能低下，导致血清中的非结合胆红素升高。常见相关疾病有克里格勒-纳贾尔（Crigler-Najjar）综合征、Gilbert综合征、先天性甲状腺功能低下等。
胆汁排泄障碍肝细胞排泄结合胆红素障碍或胆管受阻，可致结合胆红素升高。常见相关疾病有新生儿肝炎综合征、先天性胆道闭锁、先天性代谢缺陷病、Dubin-Johnson综合征等。
当新生儿饥饿、缺氧、脱水、酸中毒、头颅血肿或颅内出血时，更易出现黄疸或使原有黄疸加重。
