牙周病的治疗一般可分四个阶段，包括基础治疗、手术治疗、正畸及修复（包括种植）治疗、维护期治疗。所有牙周病患者都必须经过基础治疗和维护阶段。基础治疗较好的进入维护期，疗效欠佳的则根据病情和对危险因素的控制情况，必要时需施行手术，只有牙周感染控制之后，才可以进行相关正畸、修复治疗。
当出现牙周脓肿时，要及时进行止痛治疗，并将脓肿引流，以尽快消除炎症干扰。
包括龈上洁治术、龈下刮治术和根面平整术等，适用于各种类型牙周病，是治疗这类疾病的基本方法。
用超声波洁牙机和（或）手用洁治器，去除肉眼能直视的龈上牙石、菌斑和色渍，并抛光牙面使其光滑不易沉积菌斑和牙石。适用于所有人群，包括牙周病患者、牙周健康者及牙周治疗后维护期的患者。它是牙龈炎的主要治疗方法，也是牙周炎治疗的第一步。
是使用精细的龈下刮治器械，除去附着于牙周袋内根面上的龈下牙石和菌斑，并刮除受到毒素污染的病变牙骨质，形成光滑、坚硬、清洁并具有生物相容性的根面，有利于牙周附着性愈合。它是治疗牙周炎最主要、最有效的基本手段。在完善的基础治疗后，牙周袋仍超过5mm且探诊出血，应考虑进一步的手术治疗。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
牙周病的药物治疗主要针对菌斑微生物，但单纯的药物治疗不能替代牙周机械治疗，后者仍是清除菌斑生物膜的首选方法，药物只起辅助作用；而对于牙周病引起的全身疾病，可通过药物进行控制。
作用时间较短暂，对牙周袋内的菌群没有显著影响。最常用的含漱剂为0.12%～0.2%的氯己定溶液，其次还有西吡氯铵溶液、氟化亚锡液等，它们可作为口腔清洁的一种辅助措施，牙周手术后常规使用抗菌斑含漱剂辅助菌斑控制。
能够靶向直接作用于牙周袋内的病变组织，使病变局部能较长时间维持有效药物浓度，达到抑菌、杀菌的作用。常用的缓释抗菌制剂有2%米诺环素软膏，刮治和根面平整治疗深牙周袋后可辅助使用。
最具代表的是甲硝唑，是一种高效价廉、能杀灭专性厌氧菌的药物，不易引起菌群失调，也不易产生耐药菌株，也可选择其二代产品替硝唑和奥硝唑。
最具代表的是阿莫西林，常与甲硝唑联合使用治疗侵袭性牙周炎和重度慢性牙周炎。
罗红霉素也可单独或与抗厌氧菌药物联合应用。
均能有效降低牙周炎症过程中的宿主反应，能够诱导破骨细胞凋亡，减少酸性产物的分泌；促进牙周组织的胶原合成与表达。但需要遵医嘱小剂量使用，以防引起牙周致病菌的耐药性。
手术治疗的目的是为了能在直视下进行彻底的根面平整和清除感染组织，纠正牙龈及骨的外形，植入自体骨或骨替代材料以及生物屏障膜，以期获得牙周组织的再生，为患者创造利于菌斑控制的口腔环境。
中医认为肾阴虚是牙周病的致病因素，从而提出补肾、清胃热等方法治疗牙周病。这些方法能在一定程度上增强宿主非特异性免疫功能，调节性激素水平和牙槽骨的代谢。
