医生会通过视触叩听的手段对患者进行系统的全身体检，如测体温、血压等，检查有无明显的功能障碍、有无神经系统方面异常等。
目前最具有代表性的自填式健康问卷是康奈尔医学指数（CMI），内容包括躯体症状、家庭史和既往史、一般健康和习惯、精神症状4个部分，并进一步划分为多个小项目，通过最终评分评估个体的健康状况。类似的量表还有Delphi法自测表、疲劳量表、过度疲劳量表、症状自评量表等，均有助于亚健康状态评估。
此外，还可进行精神评估量表检查，帮助医生评估患者是否有精神异常及其严重程度。
超高倍显微诊断仪（MDI）、多媒体显微诊断仪（MMDI）、福贝斯远程健康检测系统（TDS）、脑象检查（EEQG）、量子共振检测法、光电容积脉搏波描记法（PPG）等，对亚健康状态评估也可能有一定帮助，但均缺少统一的判断标准。
目前测定项目主要有全血黏度值、血浆黏度值、全血高还原黏度、红细胞变形指数、红细胞聚集指数、血沉、红细胞压积等。血液黏滞性的升高常发生在亚健康状态或疾病的早期，是血液流变学指标的一个显著特点。
亚健康个体体内微量元素含量可出现变化，如血清中铁含量不足，可能提示身体可能处于亚健康状态，对调整健康有一定指导作用。
超声波、CT、MRI等常规影像学检查对亚健康个体并不能做出特异性诊断，但有助于排除其他疾病。
