亚健康个体没有明确的疾病，主要表现为活力、反应能力、适应能力出现不同程度的减退，既能向健康的状态转化，也能够向疾病的方向转化，所以目前治疗从病因入手，主张自我调适，主要是加强生活调理和进行心理干预，必要时给予一些药物对症治疗。
正确面对各种压力，调整心态，使心理状态尽可能地保持均衡。时刻保持乐观向上的良好心态，保持愉快稳定的健康情绪。同时，放松训练可以间接地缓解压力和紧张，常用的放松训练法有加克布松的渐进性放松训练法、舒尔茨的自我训练法、生物反馈放松训练法、音乐疗法等。
注意劳逸结合，要尽可能按照机体生物钟的规律，合理安排每天的工作、学习、进餐、休息时间，特别注意应保证充足的睡眠。此外，进行适当的体育锻炼，如登山、慢跑、做操，并且培养兴趣爱好，如听音乐、画画、旅游。
合理安排饮食结构，各种营养素的搭配要多样化。比如，食用动物蛋白、脂肪应适量，可多吃新鲜水果、蔬菜等富含维生素的食物。注意养成健康的饮食习惯和方法，如少盐、低糖，戒烟戒酒，定时定量进餐，忌暴饮暴食。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
结合自身症状，患者可在医生指导下应用一些增强免疫力、抗疲劳、抗抑郁、镇静等方面的药物，需要注意的是，亚健康个体存在躯体、精神及社会环境等多方面的变化，药物仅是辅助，加强自我生活调理才是重点。
亚健康管理相当于传统中医学的“治未病”范畴，以自我调理和预防为主，但患者也常有肝郁脾虚、肝肾阴虚、气阴两虚、气虚血瘀等证候，因此可进行辨证论治。另外，推拿、按摩、针灸等通过手法激发和引导经络系统，也有助于预防疾病、强身健体。需要注意的是，应到正规的中医院就诊，不得自行乱用方剂及其他中医疗法等。
不健康的心理状态对亚健康的形成和转归有重大影响，若亚健康个体的心理症状明显，难以自我调理，可求助于专业的心理医生，由医生利用心理学方法改变不正确的认知活动和情绪障碍，进而从亚健康回归到健康状态，逐步建立起科学、合理、健康的生活行为方式。
