上尿路结石多有典型的肾绞痛，严重肾积水时可在上腹部触及增大的肾脏，在输尿管走行区相应部位有明显压痛；怀疑是尿道结石的病人，前尿道结石可沿尿道扪及，后尿道结石经直肠指检可触及，较大的膀胱结石可经直肠腹壁双合诊被扪及。
本病需要进行相关的实验室检查以及影像学检查，其中泌尿系超声、腹平片、静脉尿路造影以及腹盆CT等影像学检查是确诊疾病至关重要的检查项目。
主要检测血液电解质（钙磷钾钠氯镁等）、白蛋白、尿酸、肌酐。测定血清/血浆钙有助于甲状旁腺功能亢进或其他与高钙血症有关疾病的诊断，如血钙浓度高（＞2.60mmol/L），则应测定甲状旁腺激素水平。
常能见到肉眼或镜下血尿；伴感染时有脓尿。感染性尿路结石病人需要做尿液细菌及真菌培养；尿液分析还能测定尿液pH、钙磷、尿酸、草酸等，禁食晨尿pH>5.8则考虑为完全性或不完全性肾小管性酸中毒，可同时作酸负荷试验及血液pH、钾、碳酸氢盐和氯化物测定；发现晶体尿则做尿胱氨酸检等。
结石成分分析是确诊结石性质的方法，也是制定结石预防措施和选用溶石疗法的重要依据，此外，它还有助于缩小结石代谢评估的范围。结石标本可经手术、碎石和自排取得。
结石成分分析包括定性分析和定量分析，通常定性分析就可满足临床需要。 结石成分分析首选红外光谱分析（IRS）或 X射线衍射分析（XRD），也可用偏振光显微镜分析结石成分。目前已很少使用化学分析法。
为临床常用的检查手段，更是儿童和孕妇在怀疑尿路结石时首选的方法。通常可发现2mm以上X线阳性及阴性结石。可以了解结石以上尿路扩张的程度。
作为泌尿系统结石诊断最便捷的方法，可发现90%左右X线阳性结石，能够大致确定结石的位置、形态、大小和数量，初步区分结石的化学性质。
这是一种有创检查。医生将尿路造影与尿路平片的检查结果共同进行分析，其价值在于了解尿路的解剖，确定结石在尿路的位置，还可鉴别平片上可疑的钙化灶，了解分肾功能等等。但碘过敏、严重肝肾功能不全以及心血管疾病者禁做该项检查。
可发现大于1mm的结石，分辨率高，不易受腹部脏器活动干扰，可以清楚地显示包括阴性结石在内的结石形态和大小，对于肾绞痛患者可首选CT平扫。
CTU是将螺旋CT扫描与IVU检查相结合的一种检查方法，进一步提高了诊断的准确性和分辨率，但价格较昂贵，较IVU具有更高的辐射剂量。
这是一种有创检查，一般在需要作进一步的鉴别诊断时应用，不作为常规检查手段。
可获得与静脉尿路造影同样诊断的效果，并且受肾功能改变的影响较小，对于不适合做IVU的患者（如造影剂过敏、严重肾功能损害、儿童和孕妇等）可考虑采用。
显示泌尿系统的形态，检测肾脏血流灌注、肾功能及尿路梗阻情况，用于进一步诊断或评估分肾功能。
