遗传性乳腺癌-卵巢癌综合征目前以手术联合化疗为主，即规范的实施肿瘤细胞减灭术后，给予静脉化疗或腹腔化疗，还可辅以靶向治疗、免疫治疗、放射治疗等。治疗目的是控制病情发展，改善患者的生活质量，延长生存期。
放射治疗应用较少，一般用于HBOCS晚期或复发时。
化学治疗是该病综合治疗中不可或缺的一部分，常用的化疗药物有铂类，如卡铂、顺铂；抗肿瘤植物类，如紫杉醇等化疗包括新辅助化疗、术后辅助化疗以及复发或转移化疗，具体如下。
又称术前化疗、初始化疗和诱导化疗，是指在手术或联合放疗的局部治疗前，以全身化疗作为癌症的第一步治疗，然后再行局部治疗，局部治疗后继续完成拟定的化疗方案。新辅助化疗可帮助尽早控制微转移灶，使原发癌及其周围扩散的癌细胞产生退行性变或部分被杀灭，提高外科手术的治愈率等。
术后辅助化疗的主要目的是为了杀灭残余或亚临床病灶、控制复发，以缓解症状、延长生存期。化疗方式包括全身用药、腹腔化疗和动脉灌注化疗，一般为静脉化疗，对达到满意减灭术的晚期患者可予腹腔化疗。用药原则首选联合化疗，HBOCS大多为上皮性卵巢癌，因此首选铂类加紫杉类联合化疗。
属于癌症复发或转移性后的姑息性化疗，需要根据患者具体情况制定个体化治疗方案。
遗传性乳腺癌/卵巢癌综合征可根据不同的瘤体位置采取对应的手术方式，具体如下。
卵巢癌手术病理分期可分为Ⅰ~Ⅳ期，Ⅰ期肿瘤局限于卵巢（单侧或双侧），Ⅱ期肿瘤累及单侧或双侧卵巢，伴有盆腔播散，Ⅲ期肿瘤位于单侧或双侧卵巢，Ⅳ期肿瘤有远处转移。
适用于早期患者，手术目的在于切除肿瘤、评价预后、制定化疗方案等。对于有生育要求者，应具备以下指征：
适用于中晚期患者，复发的患者可以进行再次肿瘤细胞减瘤术。该手术是指尽最大努力切除卵巢癌原发灶及转移灶，使残余癌灶直径<1cm，甚至无肉眼可见残留，以减少肿瘤负荷对宿主的直接损害，利于术后辅助治疗，提高生存时间。
可根据类型、分期制定个体化手术治疗方案，手术方式多种多样，包括乳腺癌根治术、乳腺癌扩大根治术、乳腺癌改良根治术、乳房单纯切除术及小于全乳切除的术式等。术式选择应尽量减少手术破坏，对早期乳腺癌患者尽力保留乳房外形，但必须严格掌握以根治为主、保留功能及外形为辅的原则。
中医可通过辨证论治，达到调理冲任、扶正祛邪的目的。中药治疗时应根据肿瘤的分期及不同治疗方法（手术、放疗、化疗等）采用相应的治疗原则，注意应到正规医疗机构，在医生指导下服用。
包括免疫治疗、基因治疗、靶向治疗等，具体如下。
对于治疗实体肿瘤有良好效果，主要包括肿瘤疫苗、过继性细胞免疫治疗、免疫检查点抑制剂等方法。如淋巴因子激活的杀伤细胞（LAK）、肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）、CD3单抗激活的杀伤细胞（CD3AK）、细胞因子诱导的杀伤细胞（CIK）、扩增活化的自体淋巴细胞（EAAL）、树突状细胞（DC）等免疫细胞治疗已在探索应用，其中临床试验表明DC较有应用前景。
分子靶向药物是继手术、放疗和化疗三大传统模式之后的全新治疗方法，指在细胞分子水平上，针对已经明确的致癌位点设计相应的治疗药物，药物进入体内会特异地选择致癌位点来相结合发生作用，使肿瘤细胞特异性死亡。
临床已应用的靶向药物有曲妥珠单抗、贝伐单抗、Parp抑制剂等。其中曲妥珠单抗是第一个被批准用于治疗转移乳腺癌和早期乳腺癌的人表皮生长因子受体-2（HER-2）单克隆抗体。
通过将外源正常基因导入靶细胞，纠正或补偿异常基因所带来的缺陷，从而达到治疗目的。已知进入临床试验的曾有腺病毒载体p53基因治疗，但无明显疗效。
