肺炎支原体感染的并发症主要包括溶血、中枢神经系统疾病、皮炎、心脏炎、关节疾病和胃肠道疾病。约60%的肺炎支原体感染病例伴有溶血，通常为轻度或亚临床性。大多数患者的溶血是自限性的，无需输血或免疫抑制治疗。
极少数情况下，溶血严重甚至可能危及生命。皮肤黏膜和皮肤疾病也是肺炎支原体感染较常见的并发症，皮疹通常为轻度、自限性。脑炎是最常见的中枢神经系统受累表现，肺炎支原体感染后也可发生脑卒中，最可能的原因是血管损伤。
生殖支原体、解脲脲原体及人型支原体广泛定植于育龄期女性生殖道，可通过垂直传播造成胎儿感染。 新生儿感染后可引起多系统损害，如小儿支原体肺炎、支气管肺发育不良、坏死性小肠结肠炎、颅内出血、脑膜炎及早产儿视网膜病等。
