成人支原体肺炎大多症状轻，预后较好，早期使用适当的抗生素可减轻症状及缩短病程。主要选择包括大环内酯类、四环素类和针对呼吸系统感染的氟喹诺酮类，但儿童一般禁用喹诺酮类药物。
对于生殖支原体感染的治疗，首选药物为莫西沙星。
肺炎支原体感染引起肺炎可能出现急性发病的情况，按照社区获得性肺炎的急性期对症处理即可，如有咳嗽可给予镇咳药或化痰药，如有感染征象可在医师指导下经验性使用抗生素。生殖支原体感染一般较少出现急性感染情况。
对剧烈呛咳者，应适当给予镇咳药。若合并细菌感染，可根据病原学检查，选用针对性的抗生素治疗。发热给予对症治疗。
一般在病因不明的情况下可采取经验性治疗，在明确病原体后可根据不同病原体使用口服或静脉注射药物。
肺炎支原体感染患者应注意多用肥皂和水洗手，多使用含乙醇的手消毒剂，以及在咳嗽或打喷嚏时捂住口鼻；生殖支原体感染患者需注意性生活防护措施，减少性伴侣。
如出现严重情况需要住院，请遵照医嘱执行各类治疗及护理措施。
由于个体差异大，用药不存在绝对的最好、最快、最有效，除常用非处方药外，应在医生指导下充分结合个人情况选择最合适的药物。
支原体感染的药物治疗主要为抗生素的选择，一线治疗选择包括大环内酯类、四环素类和氟喹诺酮类抗菌药，但喹诺酮类药物会影响儿童软骨发育，18岁以下尽量要避免使用。
早期使用适当抗生素可减轻症状及缩短病程。大环内酯类抗生素为首选，如红霉素、罗红霉素和阿奇霉素。
对大环内酯不敏感者则可选用氟喹诺酮类，如左氧氟沙星、莫西沙星等，四环素类也用于肺炎支原体肺炎的治疗。疗程一般2~3周。对剧烈呛咳者，应适当给予镇咳药。
若合并细菌感染，可根据病原学检查，选用针对性的抗生素治疗。
在病因不明的情况下，经验性治疗包括覆盖沙眼衣原体的抗生素，一般采用单剂阿奇霉素或多剂多西环素。
明确诊断为生殖支原体感染时，一般建议采用莫西沙星治疗，或使用阿奇霉素。
